Here is a list of all file members with links to the files they belong to:

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main() : main.cpp
main_add() : add_main.cpp
main_align() : align_main.cpp
main_annotate() : annotate_main.cpp
main_augment() : augment_main.cpp
main_autoindex() : autoindex_main.cpp
main_bench_dist_query() : bench_dist_query_main.cpp
main_benchmark() : benchmark_main.cpp
main_call() : call_main.cpp
main_chains() : chains_main.cpp
main_chunk() : chunk_main.cpp
main_circularize() : circularize_main.cpp
main_clip() : clip_main.cpp
main_cluster() : cluster_main.cpp
main_combine() : combine_main.cpp
main_concat() : concat_main.cpp
main_construct() : construct_main.cpp
main_convert() : convert_main.cpp
main_deconstruct() : deconstruct_main.cpp
main_depth() : depth_main.cpp
main_describe() : describe_main.cpp
main_dotplot() : dotplot_main.cpp
main_filter() : filter_main.cpp
main_find() : find_main.cpp
main_gamcompare() : gamcompare_main.cpp
main_gampcompare() : gampcompare_main.cpp
main_gamsort() : gamsort_main.cpp
main_gbwt() : gbwt_main.cpp
main_genotype() : genotype_main.cpp
main_giraffe() : giraffe_main.cpp
main_haplotypes() : haplotypes_main.cpp
main_help() : help_main.cpp
main_ids() : ids_main.cpp
main_index() : index_main.cpp
main_inject() : inject_main.cpp
main_kmers() : kmers_main.cpp
main_map() : map_main.cpp
main_mask() : mask_main.cpp
main_mcmc() : mcmc_main.cpp
main_minimizer() : minimizer_main.cpp
main_mod() : mod_main.cpp
main_mpmap() : mpmap_main.cpp
main_pack() : pack_main.cpp
main_paths() : paths_main.cpp
main_primers() : primers_main.cpp
main_prune() : prune_main.cpp
main_rna() : rna_main.cpp
main_sim() : sim_main.cpp
main_simplify() : simplify_main.cpp
main_snarl() : snarls_main.cpp
main_sort() : sort_main.cpp
main_stats() : stats_main.cpp
main_surject() : surject_main.cpp
main_test() : test_main.cpp
main_trace() : trace_main.cpp
main_translate() : translate_main.cpp
main_validate() : validate_main.cpp
main_vectorize() : vectorize_main.cpp
main_version() : version_main.cpp
main_view() : view_main.cpp
main_viz() : viz_main.cpp
main_zipcode() : zipcode_main.cpp
MATCH : dozeu_interface.cpp, qual_adj_xdrop_aligner.cpp, xdrop_aligner.cpp
mem_usage_string() : autoindex_main.cpp
MISMATCH : dozeu_interface.cpp, qual_adj_xdrop_aligner.cpp, xdrop_aligner.cpp
mode_name() : prune_main.cpp
mode_prune : prune_main.cpp
mode_restore : prune_main.cpp
mode_unfold : prune_main.cpp